工具

微生物宏基因组 MAGs 去污染工具：识别并去除混入组装基因组（MAGs）的污染序列，在线使用，提升基因组 bin 的完整度与纯度。

泛基因组浏览与下载平台：交互式可视化泛基因组结构，支持泛基因组数据下载，并可上传序列进行相似性检索。

一站式 gap 填充平台，整合 Gap-Aid 与 Gap-graph 两个组件，覆盖从原始读段到组装图的多种填充策略。

交互式可视化 gap 填充工具：展示长读段与 gap 区域的比对，逐步构建最优组装路径完成填充。

基于组装 unitig 图的可视化工具：组装图与染色体可视化、gap 定位与填充、多倍体基因型人工校验，双击即装。

Windows 端的比对结果可视化程序，直观查看序列比对细节。

染色体级别 gap 填充工具：利用同源参考基因组与 HiFi/ONT、Hi-C 读段，攻克 T2T 基因组复杂重复区域。

染色体级别的多倍体分相（phasing）挂载工具。

比对/映射结果过滤算法与程序（发表于 Horticulture Research），为下游分析提供高质量比对。

基因组评估（assessment）工具（Genome Biology, 2024）。

基于三代测序读段的宏基因组群落模拟器。